但是，无论是录取时间(批次)提前，还是提供录取优惠政策，在当前都面临公平的质疑。录取批次的划分使高校之间面临不平等生源竞争，越是录取批次靠后的学校，越难录取到好学生，高职高专在各地均放在最后一批，就被认为是招生歧视；近年来，不少高校在高考生源争夺中，努力争取录取时间(批次)提前，就是出于这种录取规则考虑。至于学校提供的加分录取优惠政策，从积极角度说，是为了体现高校的招生自主权，而从消极角度说，则成为考生不公平竞争的重要因素，甚至成为部分学校滋生招生腐败的土壤。为公平起见，近年来，有的高校甚至已经在舆论的呼吁中，取消了学校加分优惠。
只有真正意义的自主招生，才能把高校的生源竞争，从录取时间、录取优惠政策的比拼，转为教育服务、教育质量的竞争。谁提供的教育服务优、教育质量高，谁就会获得考生的青睐，这样的竞争，能促使高校以人才培养为核心，提高办学质量。
从这个角度看，国内高考录取制度应该为高校进行以自主招生为导向的生源竞争创造条件。否则，按目前学校的“地位”、“层次”划分录取批次、安排不同时间录取，用录取加分来吸引考生，无法对学校的教育服务、教育质量构成压力。这会使内地高校在内地招生时，依旧具有优势，并受这种优势的迷惑而不思进取。一个直接的后果便是，内地高校在面对境外高校的自主招生竞争时，失去竞争力、处于劣势。从长远看，这不利于我国高等教育形成国际竞争力。