经过反复交涉，黄同意回国。她重复了自己的工作，但其实验结果却与冯的结果相差不多。
此后，黄对出现的问题采取了推托、回避的态度，并且表示，“不要再找我了，要怎样处理，你们看着办吧，我是不会再回头了”。
林院士说，为了慎重起见，他们又召开了两次研究小组组内会议，结果，在第二次组会上，组内讨论的结果均认为黄论文中有关实验数据是造假无疑。
鉴于此，林院士两次给《美国化学会志》主编去信，先是报告情况，然后请求撤销论文。与此同时，有机所学位委员会也成立调查小组展开调查，并将相关情况汇报给了国务院学位办等部门，并最终由中科院研究生院学位评定委员会作出撤销黄的博士学位的处理。
“她的造假，不仅是毁了她自己，也毁了我和小组的良好声誉”，林院士在公开信中说，“这是个沉痛的教训，但愿警钟长鸣！”
中国高校的“黄禹锡现象”
在我国高校理工科论文中，黄的行为并非个案。据记者调查，像黄一样为取得好的实验结果编造篡改数据的现象，不仅在中国高校中存在，而且尚未引起足够重视。
一位网友在网上质疑研究生教育时谈到，对于理工科学生而言，“怎样拿出支持自己结论的数据来，那就看个人的智商了”。
他说，不过，这里所说的所谓“智商”，在绝大多数时间里，并不是指刻苦钻研，获取令人信服的数据能力，“而是另外一种能力，也就是做出类似韩国黄禹锡的‘事迹’却又不被发现的能力，说得难听点，就是‘编造数据’的能力”。
对于这一问题，记者联系了许多采访对象，然而大多数被访者讳莫如深。有少数愿意接受采访的，也一再要求不要透露个人身份及学校名称。
孙效是南京某高校信息工程专业的硕士研究生，临近毕业，但是毕业论文中还存在多处问题，这让他非常头痛。
“论文中的几个数据确实还是对不上结论，应该要重新做一下实验，可是，这段时间太忙了，来不及重做，我想还是自己改改吧。”孙效说这是他的“实话实说”。
孙效的校友韩英则是该校计算机专业的学生，他认为现在理工科大学生论文中数据造假的现象并不少见。“其实文理科都一样，不过我们理工科相比较文科而言要困难点儿，因为我们毕竟不能违背基本的科学规律。当然，纯粹是自己瞎编的应该不多，因为很难自圆其说，更多的时候是自己修改一下，控制在合理误差之内就行了。”