首先，国内高校必须进行内部管理制度改革。反对高校进行自主招生的人士，普遍担忧当前高校行政力量主导的管理模式，会给某些权钱交易制造空间。对于国内高校自主招生，大家长久以来的思维定势，首先想到的是，是不是可以走后门、找关系，对于获得自主招生资格的人，一些网友甚至启动“人肉搜索”，去查他的背景；而对于国外高校自主招生，普遍的认识则是，这是按学术标准和教育标准行事，权力寻租的可能性很小。姑且不论这种习惯性对比准确性如何，至少，如果高校目前的管理制度不进行相应的配套改革，很难打消大家对自主招生公平、公正的某种疑虑。
其次，自主招生过程必须公开、透明。笔者曾经看到美国加州大学录取几名学生的详细材料，其中一名，SAT成绩中等，中学学业成绩也是中等，但学校依旧录取了他，原因是这个学生家庭背景很差，父母学历低，家庭收入少，他本人在中学中花了大量时间进行勤工助学，该校招生委员会人员认为，这个学生能在这种情况下取得这样的成绩，十分难得，由此录取了他。学生的信息完全透明、学校的解释合情合理，为此没有人对此提出质疑，反而为学校的教育正义而感动。反观国内高校近年来的自主招生，虽有公示，但是公示的内容极其有限，如此又如何表明自主招生的公平与公正呢？
再次，自主招生必须与严格的人才培养过程相对应。在美国诸多名校，普遍实行“严进严出”的招生与培养制度，招生时考察很严格，而培养过程更严格，不少高校都有很高的淘汰率，比如耶鲁大学，淘汰率超过20%。而国内高校，基本上实行“严进宽出”（实行自主招生时后又被一些人认为是“宽进宽出”），一名学生进入大学后，不出意外，可以顺利获得这所大学的毕业证书，而这一证书，又直接与就业关联。这种情况，加剧了大家对大学入场券的争夺，而轻视了大学中的过程管理。如果有严格的淘汰制，就会让大家把升学作为学习的一个过程，而不是中学学习的“终点”。当然，与淘汰制相对应，我国高等教育还必须建立自由转学制度，由此形成学校间办学质量、教育服务的竞争。
总之，面对公众对自主招生公平、公正的质疑，高校不能仅埋怨社会舆论的不理解，以及大家对国外高校与对自己的“亲疏厚薄”，而应该反思自身存在的诸多让社会“误解”的因素，并切实加以改进。只有如此，我国高校的自主招生改革，才可能深入推进。