于是，学术界开始认识到了转变政府职能对于我国行政体制改革的重要性。以往大规模机械改革和权力下放效果不佳的原因，正在于计划经济体制的严重束缚以及由此形成的对行政职能调整的忽视与回避。单纯地把注意力集中于机构的增减和人员的精简或权力下放，以求一时的行政机构的“消肿”效果，而没有同时进行政府职能的转变，因而从根本上是无效的。1982年开始的大规模机构改革，由于经济体制改革未全面展开，无法促动政府职能的转变，改革以机构的再度膨胀告终。同时由于权限改革过程中央权力下放过多，造成地方分散，机构改革因此受阻。在这种情况下，转变政府职能便成为了行政体制改革的主题，也成为了学术界的共识，并被赋予了非常的重要性。例如，有的学者认为职能转变是行政体制改革的内在主题，机构改革是行政体制改革的外在主题，两者是目标与手段的逻辑关系，职能转变是机构改革的前提。（注：参见于景文：《略论市场经济中的政府职能转变》，《天津社会科学》，1999年第3期。）
这种对行政职能转变与机构改革的内外关系的分析，较之单纯的机构改革无疑是一个认识上的进步。但把职能转变和机构改革之间的关系看作是目标与手段的关系，则又忽视了在当前中国特定的历史条件下机构改革应有的重要意义，这是因为，“在结构——功能的关系上，结构是基础，特定的结构必然具有特定的功能，而特定的功能也必然需要特定的结构。”（注：胡伟：《政府过程》，第296页，浙江人民出版社，1998年版。）从实践上看，单纯的转变政府职能的改革思路也收效甚微。1988年我国在进行行政改革时就提出了转变职能的新要求，但至今政府职能也没有在总体上转变过来，很多企业仍未真正掌握经营的自主权，一些政府部门仍然在对经济活动进行不正当的干预。这在我国还没有决定建立市场经济体制之前还有情可原，在当前社会主义市场经济的条件下，就显得很不正常了。虽然在1988年提出政府职能转变以后，机构改革获得了深层次的动力，但由于政府职能转变的目标并不明确，机构改革也受到了各种阻力，因而无法形成机构改革与职能转变的有效互动发展。这实际上是至今尚未彻底解决的根本问题。
可见，历次行政体制改革之所以没有跳出恶性循环或者是孤掌难鸣的“怪圈”，就在于缺乏行政权力结构和功能两方面改革的有效互动，以及行政结构和功能改革的自身目标不够明确。目前学术界对行政体制改革的重点从机构改革发展到职能转变，并提出了结构合理化和职能合理化的理论，这是一个很大的进步，但似乎对行政结构与功能之间的互动关系，或者机构改革与职能转变之间的互动关系，缺乏明确的论述。实际上，转变职能和改革机构应该是行政体制改革同一向度上同等重要、密不可分的两个方面。机构改革需要职能转变的内在推动，职能不转变，就必然需要原来规模的机构和人员作载体，机构改革就不可能彻底展开；同样，职能转变也需要机构改革的外在推动，机构人员不调整，就必然会固守原来的各种政府职能，职能转变难以有实质性的进展。因此，职能转变与机构改革是互为动力、互为前提和互为保障的互动关系，这也是行政体制改革从体制的全方位进行改革的内涵所在。