但是，政府的“体制外功能”或“行政系统外部关系”所产生的“民主导向的外在目标”，实际上远远超出了行政体制改革的范畴，而恰恰是经济体制改革特别是政治体制改革的内容。民主和效率当然都应当是中国政治发展的目标，但这两大目标必须有其一定的适用范围。有一些学者主张把民主列为中国行政体制改革新的核心目标，把行政系统与外部社会、市场和企业的关系视为行政体制改革的本原内容，这主要是没有从理论上厘定行政体制改革的主体范畴。实际上，政治发展要兼顾民主和效率，意味着行政体制改革与政治体制改革必须配套进行，而不是把行政体制改革自身扩大化为政治体制改革。效率是行政体制改革的核心目标，民主化则是行政体制改革的保障，其实质上是政治体制改革的核心价值。美国社会学家列维认为，政治现代化实际上是集权化和民主化的综合，其实质是为了达成效率和民主的统一。既然当前中国的改革战略是按照“三大改革”的设计展开，就必须把行政体制改革与政治体制改革及经济体制改革的具体目标加以区分，而不能让行政改革去承担它不应承担也承担不了的任务。如果混淆行政体制改革和政治体制改革的核心目标，混淆行政体制改革与政治体制改革的区别，这不利于从总体上推进中国的改革事业。因此，中国的改革在总体上应达成政治民主化、行政集权化和政治经济二元化的“三位一体”目标。（注：胡伟：《中国体制改革的政府整合取向》，《政治与法律》，1995年第2期。）其中行政体制改革应以提高政府效率为核心目标，同时行政体制改革在处理内部关系时，也要积极理顺外部关系，努力取得经济体制改革、政治体制改革的配套。
行政体制改革的方案设计：结构——功能协同发展取向
行政效能的提高有赖于政府权力在结构——功能上的合理化，构造出现代化的政府权力。增强行政效率、建设效能政府是行政体制改革的根本目标，在此目标下，不少学者进而对行政权力结构的合理化和功能的合理化，即“机构改革”和“职能转变”进行了探讨，这构成了学术界对行政体制改革具体方案进行理论设计的主题。同时，沿着这一主题，学术界也形成了关于行政体制内外部改革的深层思考。
由于行政体制说到底是政府系统内进行职能划分、机构设置的权力机制，行政权力机制的重构是行政体制改革的内在目标，也是行政体制改革的实质性内容，包括行政体系内部纵横向的权力机制调整和行政体系与外部环境之间权力机制的理顺。而中国行政体制的创建，是适应产品经济和高度集权需要的产物，其结构、功能和运行关系都与计划经济体制相适应，并深受马克思主义政府体制理论、苏联行政体制模式和中国传统政治文化的影响。（注：周志忍：《我国行政体制改革的回顾与前瞻》，《新视野》，1996年第4期。）对这样的行政体制进行改革，如果单纯在机构规模和责权的大小上做文章，而不去改变政府对于经济社会的功能范围；或者反过来，只单纯要求转变政府职能，但不对政府机构进行合理调整和精简，都是不可能取得长期效果的。因此，有的学者指出从目前行政体制改革的实际问题和主要任务看，有效地改善行政权力机制的关键性工作在于行政体系结构的合理化和功能的合理化。行政结构的合理化即政府机构改革的实质是行政权力主体的合理分化、增减和重组，主要是行政体制形式上的变革；行政功能的合理化即政府职能转变的实质是行政权力作用的空间、领域和形式的合理变化，是行政体制的内在变革。? ㄗⅲ翰渭斡薄⒗钇迹骸段夜垢母镏械男姓χ毓埂罚吨泄姓芾怼罚?998年第8期；沈荣华、朱德米：《社会主义市场经济条件下的行政改革》，《中国行政管理》，1998年第11期。）