教育科学的发展，关键在于方法论的科学化。九年主体教育实验研究证明了现代科学研究发展的基本趋势，这就是：提高理论的概括性与加强实验研究科学性的统一。主体性发展实验作为一种教育思想实验，首先体现了多学科参与的综合性。主体性问题的研究，不仅有深刻的历史和现实根据，而且是教育理论自身逻辑发展的必然。从实践范畴、认识范畴、价值范畴延伸到对主体、主客体关系、人在认识和实践活动中的地位作用等问题的研究，从而沟通了哲学、心理学、社会学、伦理学、人类学等诸多学科的联系。其次，主体性发展实验，由于其理论构建层次高，多因素多变量参与以及开放性、实践性、综合性强的特点，在形成现代教育实验观、教育实验的基本范式以及优势互补的学术共同体等问题的研究上提供了丰富具体的经验。从而为建构具有中国特色的教育实验提供了有意义的启示。