对于所选择的科目内容，采用怎样的组织方式才能使科目内容中各部分形成一个有机的整体，从而便于学生学习、理解和掌握，促使学生建立良好的认知结构，也是科目设计中的核心研究课题之一。这一问题，也成为我国课程改革中的焦点课题之一，而受到广泛深入的探讨。

例如，小学数学的科目组织除了要符合学生的发展心理特点和学习心理特点外，主要还是根据其科目内容来设计其科目组织结构的：

在小学数学中，算术知识仍然是核心的内容，是最基础的知识，因此必须先学习，而且要放在重要的位置。代数初步知识主要包括字母表示数，简易方程等，比算术知识抽象，宜于在学生掌握一定的算术知识的基础上进行教学。在编排时可以使它和算术适当配合。计量的初步知识，特别是单位间的进率和名数的变换，也需要一定的算术知识做基础，因此编排时必须考虑到学生认数和所学的计算范围。图形知识本来和数有着密切的联系，因此编排时也要注意与数的计算密切配合。简单统计知识更是离不开数和数的运算。至于应用题，它反映了各部分知识如何应用于实际，与各部分知识都有密切联系，但是首先也是与数和数的运算的联系。由上面分析可以看出，在考虑小学数学科目的整体结构时，要以数和数的运算为主线，其他各部分知识适当与其联系和配合，同时也要适当注意各部分知识的内在联系和逻辑系统。（《小学数学教育改革文集》，第48-49页）