第二个阶段是以国家决策为主、国家决策与地方决策并行的阶段（20世纪80年代中期到90年代末）。
这个阶段基础教育课程决策机制的基本特点是：在全国绝大部分省、市、区范围内，决策以国家层次为主，但规定课程的极小一部分为"地方安排课程"，为地方层次的决策提供了极少量的余地；在上海市和浙江省，决策以地方层次为主；学校层次仍然没有多少决策权。这基本上是一种国家决策与地方决策并行的模式。1985年，《中共中央关于教育体制改革的决定》就学校教育提出的"简政放权"、"分级管理"的原则，对整个教育包括基础教育课程决策机制的变化产生了重要影响，它可视为课程决策机制进入第二个阶段的开端。1986《中华人民共和国义务教育法》的颁布和该年起逐步建立的全国中小学教材审定制度又为课程决策的部分权力下放到地方提供了契机。经原国家教委批准，于1988年开始在上海市和浙江省进行以地方层次课程决策为主的课程改革试点，浙江省的改革主要是九年义务教育课程，上海市的改革则包括九年义务教育课程和高中课程。与此相应，80年代末形成了分别在全国不同地区实施的三套不同的九年义务教育课程计划（或称"教学计划"）和各学科教学大纲（或称"课程标准""教学指导纲要"）：全国范围一套，上海市一套（上海市还出台了高中课程改革方案），浙江省一套。九年义务教育教材方面更是多样化。1988年。国家教委制定了《九年义务教育教材编写规划方案》。1989年，国家教委批准，根据不同地区的具体实际，编写多种不同的教材（属于义务教育阶段的有八套半）：人民教育出版社编写"六三"制和"五四"制教材各一套，这两套教材面向全国大多数地区，适合一般水平的小学和初中使用；北京师范大学编写一套"五四"制的教材，这套教材面向全国大多数地区，适合一般水平的"五四"制小学和初中；广东省教育厅、福建省教委、海南省教育厅和华南师范大学联合编写一套主要适合沿海经济文化比较发达地区和办学条件好的小学和初中使用的教材；四川省教委和西南师范大学共同组织编写一套主要面向经济文化基础薄弱的边远地区、农牧区和山区的教材；八所高师院校出版社协作委员会编写一套适合重点中学的教材，其中半套属于义务教育（初中）教材；上海、浙江根据各自的教学计划与课程标准（教学指导纲要），各编写一套教材；河北省教委制定编写适合复式教学的课程教材。20世纪 90年代初，开始在不同地区分别使用不同的课程方案，先是实验，随后是正式推行。在此期间，高中阶段的课程决策机制也发生了一些类似的变化。
不难看出，我国基础教育课程决策机制演变的上述两大阶段各有自己的优缺点。第一大阶段的高度集中的国家决策模式，有利于使全国范围内的学生在基本的方面获得统一的、平衡的教育，保证全国范围内的教育达到一定水准，这正是现代公共教育所追求的一个重要目标；然而，它显然不利于适应不同地区和不同学校的具体实际，不利于充分发挥地方和学校的自主性、积极性。第二大阶段的国家与地方混合的决策机制，在局部范围内适应了地方的具体实际，在一定程度上克服了第一大阶段的部分缺陷，但是，笔者认为这仍存在着较严重的缺陷：第一，除上海市和渐江省外的大部分省、自治区、直辖市缺乏地方层次的课程决策权，它们的具体实际和自主性、积极性被考虑得很不够；第二，上海市、渐江省由于是实施不同于其他地区的课程计划和课程标准，因而在教育成就评价等方面缺乏与其他地区交流的足够的基础；第三，学校的具体实际和自主性、积极性仍然考虑得很不够。
上述第一、第二阶段的基础教育课程决策机制，都是特定历史时期的产物。在当前新的历史时期，我们必须在基础教育课程决策机制上实行转变，将之推进到一个新的阶段亦即第三个阶段。
国家、地方和学校这三个层次各有自己的特定功能：在课程决策上坚持国家的部分职责与权力，能保证全国范围内的学生在基本方面获得统一的、平衡的教育，以及使全国范围内的各个学校的课程达到一定的水准，并为全国范围内的教育评价提供必要的共同基础和指导作用，这一点是很必要的；保证地方足够的职责与权力，能够使课程符合地方的社会发展实际；保证学校适当的职责与权力，能够使课程符合、体现学校和学生个人的实际，同时充分发挥学校、教师的自主性和积极性，拓展教师的专业范围，提高教师专业水准。就当前的背景而言，这些功能都显得十分重要。为了发挥各自的功能，就应该将这三个层次结合起来，使此三者之间达到一种平衡。