高等学校重点学科建设和人才培养结构调整力度加大，办学水平进一步提高。从“九五”开始，国家实施“211工程”。目前，工程进展顺利，到2001年，已完成对79所学校及两个公共服务体系(中国教育科研网、中国高等教育文献保障系统)的验收，完成建设资金总量为108.94亿元，其中用于重点学科建设的经费63亿元。国家还启动了一流大学和高水平大学建设。高等学校学科实力显著增强，教学科研条件明显改善。从1998年开始，高校本科专业目录由504种减至249种，初步改变了专业过细过窄的弊病。增加了急需专业的招生，如2000年我国信息技术类专业的本、专科生已达到73.8万，在此基础上，又设立了35所软件学院。在研究生阶段，还大力加强了专业硕士学位研究生的培养。
教育教学改革推动了高等教育质量的提高。1994年，原国家教委制定了“高等教育面向21世纪教学内容和课程体系改革计划”，组织编写了数百本“面向21世纪课程教材”，改变了课程教材落后的面貌。从1995年开始，对180所高校进行了本科教学合格评估。高等学校还大力推行学分制、主辅修制，普遍加强了人文素质教育，建立了32个人文素质教育基地。2001年，教育部提出了教授要上讲台、大力提倡使用新教材、引进国外原版先进教材等一系列措施，在181所高校批准建设964个重点学科，正在有力地推动高校教育质量的提高，促进学科专业结构的调整。
高等学校科研实力增强。高校的科研经费从1990年的14亿元增加到2001年的173亿元，增长了11倍多。高校承担国家自然科学基金面上项目70%以上、重点项目一半左右，承担国家“863计划”项目30%以上。到2001年年底，高校累计获得国家自然科学奖250项，占授奖总数的一半；获得国家技术发明奖1022项，占授奖总数的三分之一多；获国家科技进步奖2178项，占授奖总数的四分之一强。高校承担的国家社会科学规划和基金项目历年都占项目总数的60%以上。高校在国内外发表的论文数，占全国发表论文总量的60%以上。高校已经成为我国科技创新特别是基础研究领域的生力军。
高等学校在高新技术产业化和哲学社会科学成果应用方面作出了突出贡献。以2001年为例，高校签订技术转让合同5540项；创办科技型企业1993个，控股与参股的上市公司有36家；销售收入452亿元，已建立国家级大学科技园22个，吸引社会投资293亿元。涌现出北大方正、清华同方、东软集团等高新科技企业和方正电子出版系统、清华威视集装箱检测系统、东软集团医疗CT机及嵌入式软件等重大科技创新产品，为国民经济培育了新的增长点。高校哲学社会科学研究工作者深入研究改革开放和社会主义现代化建设中的实际问题，为政府和企业提供决策咨询，取得了一系列重大成果。
西部高等学校的建设加强。为配合西部大开发战略的实施，国家决定支持西部每一个省区重点办好一所大学。近年来，利用国债项目支持西部20所高校加大建设力度，重点建设了一批西部地区高校本科专业和17个教育部重点实验室；启动了高等学校对口支援计划，确定北京大学、清华大学等高校对口支援石河子大学、青海大学等14所西部高校。
总而言之，近年来高等学校发展取得突出成绩，面貌一新，师生员工精神振奋，积极向上。
(五)高等教育各项改革取得突破性进展。
高校管理体制改革取得了重大进展。1993年，党中央、国务院作出了逐步推进高等教育管理体制改革的正确决策，提出了“共建、调整、合作、合并”的八字方针，几年来，对500多所高校进行了管理体制调整，实行地方和中央共建。在317所高校开展了校际间的合作办学，形成了227个合作办学实体。先后将708所高校合并组建为302所多学科或综合性的高校。高校管理体制改革改变了计划经济条件下形成的部门和地方条块分割、重复办学的局面，基本形成了中央和省级人民政府两级管理、以省级政府管理为主的新体制，扩大了高校的办学自主权，优化了高等教育的资源配置。近几年来，我们还注意整合教育资源，并使高等教育向人口较多的地级市延伸，高校布局更加合理。