九月，皇上下诏书说：“自查办（鸦片烟祸）以来，对内不能彻底处理犯法奸民，对外不能切断贩卖（鸦片的）来源，沿海各省纷纷征调（军队），浪费饷银，使军队劳顿疲惫，这些都是林则徐等办理不善所致。”（欲）将林则徐等交送法国有关部门严审议罪，敕令他马上来京城，派琦善接替他的职务。不久决议革去林则徐的职务。琦善到任后，义律要求赔偿烟款，要求将厦门、福州作为通商口岸。皇上（闻此）震怒，又命令备战。
道光二十一年春，授予林则徐四品卿衔，赶赴江镇海协助防务。当时琦善虽然因擅自割让香港被逮捕法办，但是和是战（朝廷）仍然没有定下来。五月，皇上下诏斥责林则徐在广东不能恩威并用，削夺卿衔，流放到伊犁戍边。正逢黄河在开封决口，林则徐在流放途中奉命协助堵塞决口事宜。第二年，（修筑提防的）工程竣工，林则徐仍赴伊犁戍边，而此时浙江、江南军队不断打败仗。当年秋天，便停战议和（注：1842年签定《中英南京条约》）。
